Der Name Mariaburg kommt nicht von ungefähr. Das Kloster wurde auf dem sogenannten Burgstock gebaut, wofür im Sommer 1675 zuerst die noch stehenden Burgruinen abgerissen und der Bauplatz eingeebnet werden musste. Da keine archäologische Untersuchung des Burgstocks möglich ist, wissen wir nicht, wann der Burgstock erstmals besiedelt wurde.
1240 im Bezirk des Stifts Säckingen
Erst für das Jahr 1240 erhalten wir Informationen: Friedrich und Ulrich von Nevels, Dienstadlige des Klosters Säckingen, erscheinen als Burgbesitzer. Gehen wir davon aus, dass auch die früheren Meier des Klosters in dieser Burg oder einem Vorgängerbau gelebt haben, dann gelangen wir in die Zeit nach 740 zurück, als die wichtige Beata-Landolt-Sippe (Familiennamen gab es damals noch nicht) etwa einen Viertel des Linthgebiets dem Frauenstift schenkte. Der Ortsname führt sogar in die Zeit der romanischen Besiedlung zurück; Näfels geht aber nicht, wie man im 13. Jahrhundert glaubte, auf navis = Schiff, sondern auf navalias = Neuland zurück. Es handelt sich also um einen Rodungsnamen, was eine grössere Besiedlung zu vorromanischer Zeit unwahrscheinlich macht.
Übergang in habsburgische Hände
Neben dem Klostermeier, welche aus den Landsleuten gewählt wurden, war im Glarnerland vor allem der Reichsvogt als Stellvertreter des Kaisers von Bedeutung. Als Reichsvögte amteten zunächst die Grafen von Lenzburg, danach die Kyburger. Und als auch diese ausstarben wurde 1264 Rudolf von Habsburg Inhaber der hohen Gerichtsbarkeit. 22 Jahre später erlangte er auch das Meieramt von Säckingen, womit Habsburg die gesamte öffentlich-rechtliche Gewalt über das Land Glarus besass. Im Zuge seiner Expansionspolitik in Richtung Innerschweiz gewann Glarus für die Habsburger an strategischer Bedeutung. 1302 wurde das Niederamt Glarus (Weesen und Gaster) mit dem Oberamt (Glarus) zu einem österreichischen Verwaltungsbezirk zusammengeführt. Die Burg Näfels, ein Lehen Säckingens, kam aber erst 1329 von Ritter Bilgeri von Wagenberg in habsburgische Hände. 1350 nötigte Habsburg das Stift Säckingen, ihm die Burg ganz zu überlassen, auch um der mottenden Freiheitsbewegung begegnen zu können.
Landvogt Stadion verliert 1352 auf dem Rautifeld
Die Situation spitzte sich zu: Die eidgenössischen Stände Uri, Schwyz, Unterwalden und Zürich besetzten Glarus, der österreichische Vogt «floch uss dem Land gen Weesen in die Stadt». Zu Lichtmess 1352 verlor aber Landvogt Walter von Stadion (darum wird die Burg mitunter Stadion genannt) auf dem Rautifeld die Schlacht und sein Leben. Die Burg wurde geschleift, Ruine und Burghügel wurden Eigentum des Tagwens Näfels.
Gut vierzig Jahre später kam Glarus endgültig zur Eidgenossenschaft. Nach der Schlacht bei Sempach (9. Juli 1386) besetzten die Eidgenossen zusammen mit den Glarnern das habsburgische Städtchen Weesen. Die – aus der Sicht der Habsburger – abtrünnigen Glarner zerstörten die Burg Windegg und beschlossen in einer Landsgemeinde am 11. März 1387 ihr erstes eigenes Landgesetz. Die Habsburger eroberten Weesen zurück und drangen am 9. April 1388 auch ins Glarnerland ein. Sie verloren aber – dank der Näfelser Fahrt am ersten Donnerstag im April geht das nie vergessen – die Entscheidungsschlacht. Die Glarner errichteten im Sendlen eine Landeskapelle, an deren Stelle heute die katholische Pfarrkirche St. Hilarius steht.
1982 bestätigten archäologische Grabungen den in Aegidius Tschudis Chronik geschilderten Schlachtverlauf. Für Polykarp Schwitter war die Tatsache, dass die Österreicher anderthalb Jahre nach der Schlacht ihre Toten ins Kloster Rüti überführen durften, ein Indiz für die religiöse Toleranz der reformierten Bevölkerungsmehrheit.